ボトルから度々サプリメントを取り出すのは面倒なので、ジップ付きの袋などに分けて入れ、保管しようと思います。大丈夫でしょうか？

基本的には、ボトルのままでの保管をお勧めしております。
ジップ付きの袋であっても、光や空気、湿気を完全に遮断はできませんので、袋に移し替えて保管を行うと、変色や匂いの変化、栄養素の変質などが、より起こりやすくなります。

ただ、その日飲む分のみをジップ付の袋などに入れて持ち歩く程度であれば問題ございません。